In de jaren tachtig en negentig stonden veel Naardense huizen en gebouwen in de steigers om te behouden of te vernieuwen. In 1985-1986 kreeg de restauratie van Bastion Oranje haar beslag; in 1999-2001 werd de Promerskazerne aangepakt alsook de “doorbraak” bij de Utrechtse Poort inclusief het Ravelijn IV. Oude gebouwen kregen vaak een nieuwe functie als museum, restaurant of woon- en designcentrum. Het Arsenaal bijvoorbeeld was tot 1987 in militair gebruik, maar werd daarna een woonwinkel en showroom voor ontwerper Jan des Bouvrie. Het Burgerweeshuis kende sinds 1928 afwisselend leegstand en bewoning; sinds 1991 is er na een grondige restauratie het stadsarchief in gehuisvest.

Het aantal bewoners in Naarden nam gestaag toe. Woonden er in 1985 16.251 inwoners, in 2005 was dit aantal gegroeid naar 17.110. De nieuwe inwoners, veelal afkomstig uit de regio Amsterdam, beschikten over ruimere financiële mogelijkheden dankzij de economische opleving in de jaren negentig, wat leidde tot sterk stijgende huizenprijzen binnen de Vesting.   

De gemeentelijke organisatie kende in deze periode weinig tot geen ingrijpende veranderingen. Er is een duidelijke afname te constateren van het aantal ambtenaren. Waren er in 1989 nog 162 personen in dienst, in 2004 waren dit er 133. Naast bezuinigingen waren daar organisatorische veranderingen debet aan. Zo was er onder meer in 1988 de integratie van de dienst welzijnszaken in de ambtelijke organisatie (zodat de dienst gemeentewerken als enige zelfstandige dienst overbleef) en in 1996 de privatisering van de jachthaven, waardoor zes medewerkers de gemeentelijke organisatie verlieten.

Op politiek-bestuurlijk vlak heerste er continuïteit. De VVD won steevast de gemeenteraadsverkiezingen zodat de partij steeds met 6 à 7 zetels in de gemeenteraad kwam. Het CDA volgde op afstand als tweede partij met 3 à 4 zetels. De PvdA was op grond van de verkiezingsuitslagen meestal de vierde partij. Niettemin waren alle burgemeesters in deze periode van PvdA-huize: de domineeszoon Henk Kastein ging in 1991 met pensioen na negentien jaar burgervader te zijn geweest; de joviale Jack Patijn, telg uit een prominent PvdA-geslacht, droeg dertien jaar lang de ambtsketen; Peter Rehwinkel, één van de eerst bloggende burgemeesters in Nederland, nam in 2004 de keten over van Patijn, die met pensioen ging.

De inventarisatie van het archief Naarden 1986-2005 werd uitgevoerd in het voormalige gemeentehuis van Naarden. In 2015 werd er een aanvang gemaakt met de inventarisatie van het archiefblok 1986-2005 door een extern betrokken bewerker; duidelijk van te voren gemaakte afspraken waren er niet. Het resultaat was dat er op 1 januari 2016 82m¹ archief opgeschoond en geïnventariseerd was. In het voorjaar van 2016 zouden de resterende dossiers door de zelfde persoon bewerkt worden. Door gezondheidsproblemen van de bewerker werd dit in eerste instantie opgeschoven naar het najaar van 2016. Toen duidelijk werd dat degene de klus niet meer kon oppakken, werd eind 2016 DOCFactory benaderd om de inventarisatie af te ronden. In januari 2017 ving men aan in het voormalige gemeentehuis in Naarden. Al snel bleek dat er in het eerste bewerkte deel van 82 m¹ onvolkomenheden zaten, waaronder vernietigbare dossiers, stukken die in andere archiefblokken thuishoorden en een niet altijd logisch opgebouwd archiefschema. Er is toen aan DOCFactory de opdracht verleend om het archiefschema aan te passen en het al bewerkte deel van 82m¹ te saneren. In mei 2017 werd de inventarisatie afgerond. In september 2017 werd het archief overgebracht aan het Gemeentearchief Gooise Meren en Huizen.

Het archief werd oorspronkelijk geordend volgens de Basis Archiefcode (BAC); deze ordening is aangehouden. De rubrieken zijn hier ook op gebaseerd. Het eerste onderscheid is die tussen stukken van algemene aard en die van bijzondere aard. Bij de stukken van algemene aard is onderscheid gemaakt tussen de vergaderstukken per gremium (gemeenteraad, B&W, directieteam en managementteam), statistieken en jaarverslagen. Bij de bijzondere stukken is er onderscheid gemaakt tussen organisme en taakuitvoering.

Er is waardering en selectie toegepast op dossierniveau op grond van de gemeentelijke vernietigingslijst 1983 voor stukken ontvangen of opgemaakt vóór 1 januari 1996 en de gemeentelijke selectielijst 2012 (actualisatie) voor stukken ontvangen of opgemaakt ná 1 januari 1996.

De digitale archiefbescheiden behorende bij dit archiefblok worden separaat overgebracht nadat conversie en/of migratie naar een duurzaam bestandsformaat en drager heeft plaatsgevonden. Het digitale deel bestond uit 100 cd-roms, 27 videobanden, 2 dvd’s, 3 dozen met microfilms, 3 dozen met dicteerbanden en een dicteerafspeelapparaat.

Het archiefblok was op het moment dat het bewerkingstraject werd afgesloten in goede staat. De dossiers werden sinds hun vorming bewaard in de archiefruimte van het gemeentehuis aan de Raadhuisstraat. Plastic mappen, elastieken, metaal en ander hechtmechaniek, wat de goede staat kan aantasten, zijn verwijderd. Alle archiefbescheiden zijn verpakt in zuurvrije dossiermappen en archiefdozen.

De totale omvang van het archief is na inventarisatie 78,3 m¹.

De digitale bestanden zijn te vinden in een afzonderlijk multimediaal archief.

Het archief van de gemeente Naarden 1986-2005 is voor het overgrote deel openbaar. Op grond van artikel 15 van de Archiefwet 1995 is er een beperking op de openbaarheid bij sommige dossiers van kracht. Hieronder is aangegeven welke dossiers beperkt openbaar zijn, waarbij is aangegeven de duur van de beperking alsmede de wettelijke grondslag voor de beperking op de openbaarheid.